Además de las alegaciones presentadas por las 5 ONG al Ministerio de Medio Ambiente presentaron también alegaciones la Fundación Nueva Cultura del Agua y la Coordinadora Biscarrués-Mallos de Riglos. Las alegaciones han sido acompañadas de informes de prestigiosos científicos de 8 universidades y 5 centros del CSIC centrados en los siguientes aspectos:

Comisión del Agua de Aragón
Las 5 ONG han aportado documentación que demuestra que el Consejo de Gobierno de Aragón intenta engañar al MARM, afirmando que la Comisión acordó apoyar, sin votos en contra, el embalse de Biscarrués, cuando en realidad, lo que la Comisión aprobó es, ante la falta de acuerdo sobre las propuestas existentes en torno al “conflicto del Gállego”,  elevar a las instituciones competentes toda la información recogida, incluyendo las propuestas “relativas a la no realización de ninguna pieza de regulación en el cauce del Gállego”.Además, entre la documentación aportada figuraban las conclusiones de la ponencia específica de la comisión donde se indicaban 8 condiciones que debería cumplir la opción elegida. El proyecto de embalse de Biscarrués incumple siete de ellas.

Cumplimiento de la Directiva Marco del Agua (DMA)
La construcción de un embalse del tamaño del de Biscarrués supone transformar una masa de agua, (que en estos momentos se encuentra en un “muy buen estado” según lo ha declarado la Confederación Hidrográfica del Ebro, CHE) a una “masa de agua modificada”, posibilidad que incumple claramente los objetivos de la DMA. Un análisis basado en la guía de interpretación de las excepciones de la Directiva Marco de la Comisión Europea de 2009 demuestra que no puede llevarse a cabo el proyecto al no existir medidas correctoras que permitan eliminar el impacto negativo sobre la masa de agua.

Evaluación de alternativas
Durante el procedimiento de evaluación de impacto ambiental, en escrito del 6 de abril de 2010, la Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental solicitó a la CHE que evaluase una serie de alternativas, que no solo no fueron evaluadas por el promotor, sino que además, son viables y con un menor coste económico y ambiental, como demuestran los informes presentados por las ONG y los científicos. Especial importancia tendría el estudio de medidas de eficiencia y flexibilidad de   infraestructuras y concesiones ya existentes, que harían innecesaria la construcción de cualquier nuevo embalse.

Impactos sobre el LIC Bajo Gállego
Al menos, existen seis informes en los que se analiza el impacto del embalse sobre el citado LIC (Lugar de Interés Comunitario). Tres de ellos aportados por la CHE, consideran que no producirá impactos negativos sobre el LIC, de los cuales dos han sido firmados por el Jefe de Área II del Instituto Aragonés de Gestión Ambiental, y uno por un profesor de la Universidad de Lleida, y los otros tres informes identifican impactos severos o críticos sobre este espacio protegido, y han sido firmados por científicos de siete universidades y cinco centros de investigación del CSIC así como por una consultora ambiental. Las ONG denuncian el marcado interés por parte de los autores de los informes aportados por la CHE, interés reiterado públicamente por parte del Gobierno de Aragón y por el investigador de la Universidad de Lleida, que incluye en su informe un importante proyecto de seguimiento en el que participaría el mismo.


Impacto sobre la fauna
Un censo realizado por SEO/BirdLife, e incluido por las ONG en las alegaciones, demuestra que el proyecto inundaría, y por lo tanto destruiría irreversiblemente, entre 3 y 7 territorios de milano real, especie declarada “en peligro de extinción”. El Estudio de Impacto Ambiental ni siquiera realizó un censó de esta especie. Tampoco analizó de forma adecuada el impacto del proyecto sobre el cangrejo de río autóctono, ni sobre la margaritona, especies también catalogadas como “en peligro de extinción”.

Oposición social
Uno de los objetivos principales invocados por la CHE para hacer el proyecto es la laminación de avenidas del río Gállego, pero la población local, no solo no ve problemas a las avenidas, sino que se ha mostrado frontalmente opuesta al proyecto.

De hecho, analizados los datos de posibles daños causados por las riadas en los últimos 50 años, desde que comienza la construcción de los dieciocho embalses con los que ya cuenta el río Gállego y que reducen el caudal del mismo en más de 500 Hm3,  éstos sólo se aprecian en bienes situados dentro del dominio público hidráulico.

El proyecto supondría la destrucción del turismo de aventura ligado a las aguas bravas, al destruir completamente uno de los dos tramos usados para este fin y un tercio del otro. Este turismo supone la  base del tejido económico y social de la zona, en la que estas actividades mueven varios millones de euros al año