El Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, a través de la Secretaría General de Pesca, mantiene el seguimiento constante de todas las flotas, incluidos los buques de pabellón chino, que operan en las zonas de pesca del atún rojo en el Mediterráneo, en coordinación con la Agencia Europea de Control de la Pesca.

España estableció en 1997 la Zona de Protección Pesquera en el Mar Mediterráneo, donde se marca un área de pesca que se extiende hasta las líneas equidistantes con otros países ribereños y la frontera marítima con Francia. Desde entonces, España mantiene el control e inspección de la zona marítima al objeto de verificar e impedir la pesca ilegal o no autorizada en estas aguas.

Estas actuaciones habituales se refuerzan durante los meses de primavera y verano, cuando se establece una especial vigilancia coincidiendo con la pesquería de atún rojo. En la actualidad, el control de esta pesquería se lleva a cabo en el marco de un plan de recuperación de esta especie que conlleva la actividad de inspección y vigilancia de las actividades pesqueras en aguas de soberanía y jurisdicción españolas.

En este sentido, el control y vigilancia de la pesquería se extiende a las actividades de los buques pesqueros en general, con independencia de su pabellón, para verificar el cumplimiento de la normativa vigente. Dichas actuaciones consisten en el control de las actividades de capturas de atún rojo con destino a granjas de engorde; cerqueros durante las transferencias de atún y control de remolcadores transportando las jaulas tras la transferencia.

Asimismo, las actuaciones de control y vigilancia también conllevan la verificación de la documentación de las cantidades de pesca a bordo, transferidas, transbordadas o transportadas; comprobación de la prohibición de uso de redes de malla a la deriva; el impedimento de la actividad de pesca extractiva a buques de terceros países en aguas españolas, y control de la talla mínima de captura del atún rojo, entre otras.

Para llevar a cabo estas actuaciones, existe un Acuerdo Conjunto de los Ministerios de Defensa, y de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente sobre la inspección y vigilancia de las actividades de pesca marítima, firmado en 1988. Mediante este acuerdo, la Armada opera con los patrulleros de altura Alborán, Arnomendi y Tarifa, con base en Cartagena, que controlan de manera habitual las aguas marítimas españolas del Mediterráneo.

Asimismo, el Ministerio de Agricultura y el Ministerio del Interior suscribieron en 1997 un Acuerdo marco para el control, inspección y vigilancia de las actividades de pesca marítima, por el que patrulleros ligeros de la Guardia Civil llevan a cabo misiones de control, inspección y vigilancia pesquera en el Mediterráneo

Para la vigilancia de la zona de protección pesquera también se dispone del avión Roche, que opera con regularidad desde los aeropuertos del litoral peninsular de Levante y Baleares, así como los helicópteros Alcotán, que realizan su vigilancia tomando como base principal los aeropuertos de Alicante, Valencia, Reus, Palma de Mallorca e Ibiza.

Asimismo, durante los días de máxima actividad de la pesquería de atún rojo, España participa en el Plan de Despliegue Conjunto para el control e inspección de la pesquería de atún rojo en el Mediterráneo con otros Estados miembros ribereños, todo ello coordinado por la Agencia Europea de Control de la Pesca. 

En aquellas ocasiones en que se detectan infracciones relativas a pesca ilegal, se procede al apresamiento del buque infractor y su desvío a puerto.

Esta labor, que desarrolla habitualmente la Secretaría General de Pesca, se realiza con independencia de las denuncias realizadas por la asociación ecologista WWF, si bien esta Secretaría General agradece la información suministrada, y anima a las ONG a que presenten información veraz sobre posibles incumplimientos.